《末日地堡第二季》讲述了朱丽叶在废弃筒仓中的冒险与探索。第1集中，17号筒仓爆发革命，居民纷纷逃离。朱丽叶进入筒仓，发现上层空无一人，下层被洪水淹没。她试图搭建临时桥梁前往IT部门，但桥塌了。回忆中，年轻的朱丽叶在机械层辛勤工作，修复玩具赢得同事赞誉，并成为沃克的手下。现在，她在探索过程中听到一名男子的威胁。
伯纳德通过朱丽叶身上的摄像机监视她的行动，当信号中断时，他意识到朱丽叶的行为可能引发革命。伯纳德采取措施控制局面，将副手置于西姆斯麾下并实施宵禁。他还争取梅多斯的支持，发表演讲声称朱丽叶已死，同时制作新磁带以延长她的生命。尽管大多数居民接受这个解释，雪莉仍持怀疑态度。
得知存在数十个筒仓后，朱丽叶意识到自己的行为可能引发更大范围的革命。索罗建议她穿上消防员服离开，最终改变主意愿意帮助她前往上层。18号筒仓内，工人泰迪因涂鸦被捕，帕特里克袭击警员导致新手工程师库珀丧生。皮特遇到一位坚持避孕的女人，比林斯则采访了所有人，坚称朱丽叶从未提出外出要求。
茱丽叶制造气泵设备穿越洪水淹没的楼层，索洛分享外界见闻并对未来感到不安。诺克斯透露筒仓历史上多次叛乱被错误归咎于机械公司。西姆斯策划弹劾梅多斯，梅多斯特许卢卡斯抗议刑期。比林斯调查骚乱事件，发现尸体消失。梅多斯临终前透露茱丽叶偷走的硬盘中有来自萨尔瓦多·奎因的加密信件。伯纳德嫁祸诺克斯和雪莉，西姆斯煽动人群追捕他们。
索洛催促茱丽叶修理水泵，但她坚持返回筒仓。茱丽叶找到头盔却因伤倒下。伯纳德否认自己是西姆斯的影子，让西姆斯代替梅多斯担任法官。西姆斯妻子卡米尔帮助诺克斯和雪莉躲避追捕。新任司法安全局局长逮捕卡拉，但诺克斯等人设法继续前进。伯纳德命令卢卡斯修复硬盘，揭示筒仓与外界的秘密联系。比林斯找到帕特里克，后者表示愿意透露真相。
