1、持有期间收到的股息红利的个税计算及税负
为了鼓励长期投资，促进我国资本市场长期稳定健康发展，自2013年1月1日起，我国对上市公司派发的股息红利所得实行了差别化个人所得税政策。按持股时间长短予以不同的税收政策待遇，持股1个月以内、1个月至1年和超过1年的，股息红利所得分别按全额、50%和25%计入应纳税所得额，适用20%的税率计征个人所得税，即实际税负分别为20%、10%和5%（财税〔2012〕85号文件规定）。2015年，经国务院批准，财政部、国家税务总局和证监会联合发布《财政部国家税务总局证监会关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2015〕101号），规定自2015年9月8日起，对上市公司股息红利所得差别化个人所得税政策进行了适当调整，对持股1年以上的投资者加大了税收优惠力度，即持股超过1年的，其取得的股息红利所得暂免征收个人所得税。该文件同时规定，全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策，按照本通知规定执行。
持股期限是指个人从公开发行和转让市场取得上市公司股票或从全国股转系统取得挂牌公司股票之日至转让交割该股票之日前一日的持有时间。
2、转让时实现的资本利得的个税计算及税负
对于个人在上海证券交易所和深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票以及从全国股转系统取得的挂牌公司的股票，其转让所得继续免征个人所得税。根据《关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》（财税字[1998]61号）规定，为了配合企业改制，促进股票市场的稳健发展，经报国务院批准，从1997年1月1日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。根据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号），“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理”。
二、个人通过合伙企业投资二级市场股票
1、持有期间收到的股息红利的个税计算及税负
通过成立有限合伙企业投资上市公司股票，首先其持有环节收到的股息红利收入，一般不适用差异化个税政策，合伙企业取得从上市公司分回的持股期限股息红利所得，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，实际税率为20%。
2、转让时实现的资本利得的个税计算及税负
根据《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号），合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。因此，合伙企业需将转让股票所得并入生产经营所得和其他所得扣除相关成本费用后的净所得，按照约定的分配比例计算应分配给个人合伙人的份额，比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。
目前很多的地方政府为吸引股权投资基金落户，会给予不同的优惠政策，有些地方政府为鼓励股权投资企业，允许合伙制投资公司（股权投资有限合伙）的合伙人的股权转让所得按照20%的税率缴纳个税，导致合伙企业的税率比较混乱，因此需要看当地是否有相关优惠政策。
合伙企业转让上市公司股票应按照金融商品转让缴纳增值税。
三、个人通过有限责任制投资公司取得上市公司股票或挂牌公司股票的个税计算
通过设立有限责任制的投资公司，从二级市场买卖上市公司股票或者股转系统买卖挂牌公司股票，个人投资者的实际税负为：
（1）股息红利：投资公司投资上市公司股票持有期间取得的股息红利，根据其持有期限
适用不同的所得税政策（《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条）：（a）持续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益，需要缴纳25%的企业所得税，再分配给个人投资者时，个人投资者需要缴纳20%的个人所得税，故个人通过有限责任公司投资上市公司股票实际持有期限不足12个月的，其收到股息红利的实际个税税负=1-（1-25%）×（1-20%）=40%；（b）持续持有居民企业公开发行并上市流通的股票超过12个月取得的投资收益，免征企业所得税，故此时个人投资者的实际税负为20%。
（2）转让资本利得：同理，投资公司取得资本利得先缴纳企业所得税，然后再将剩余利润分配给个人，因此个人所得税实际税负为40%；
（3）转让时增值税：金融商品转让按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度，增值税税率为6%，小规模纳税人适用的征收率为3%。
（4）转让时城建税、教育费附加、地方教育费附加。按照当期缴纳的增值税为基础计算，城建税一般为3%~7%；地方教育费附加和教育费附加合计为5%。
（5）证券交易印花税：证券交易印花税由卖方承担，为交易额的0.1%。证券交易印花税可以在企业所得税前抵扣，从而影响投资公司的企业所得税，进而影响可供分配利润及分配至个人的所得税税负，故其对个人投资者的税负影响=0.1%×（1-25%）×（1-20%）=0.06%。
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