一般纳税人每个月的发票、单据的数量会比小规模纳税人要多。代理公司的会计每个月取得客户公司的票据后，需要一张张用人工将其整理成专业的会计凭证，如今的做账软件是无法自动处理票据的，因此票据的数量越多，需要花更多的时间去处理，人工成本会大大提高，收取的费用自然也随着升高。
一般纳税人需要认证和抵扣增值税专用发票的进项票，而小规模纳税人则不需要此步骤，并且认证和抵扣的操作比较复杂，许多细节要和客户公司进行确认，因此代理记账公司通常会排外勤会计上门取送凭证。
二、报税频率高，填报申报表复杂
1、报税频率高
小规模纳税人增值税是按季度进行申报的，而一般纳税人是按月进行申报的，因此需要申报的次数多了许多。并且一般纳税人在月初的时候还需要抄报税，月底需要及时认证进项票，花费的人工会比小规模纳税人高的多。
2、填写申报表
如果是小规模纳税人企业，在填写申报表的时候，只需要填写增值税申报表、申报表附列材料和免税申报明细即可。如果是一般纳税人，需要填写的东西就多了，增值税纳税申报表、营改增税负分析测算明细表、增值税减免税申报明细表、固定资产（不含不动产）进项税额抵扣情况表）、本期抵扣进项税额结构明细表、附列资料表一、附列资料表二、附列资料表三等等。
三、做账的要求高
如今金税三期系统非常强大，运用大数据平台，重点监测进项票抵扣，查看是否存在虚开发票行为，查验的成功率是100%，因此对于会计做账的要求非常高，不能再像以前那样随意做账了，否则会对客户公司买下风险。
