1、重点税源企业问题
重点税源企业也一直是税务机关关照的对象。怎么说也是纳税大户，这些企业一家的纳税额比很多中小企业加一起还多，如果这类企业出现了偷税漏税的问题，那税收损失该有多大呀，因此要做好随时迎来税务机关检查的准备。
2、增值税零申报问题
0申报恐怕是一些投机企业常用的手段了。特别是一些不够负责任的代账公司可能是为了省事也常常会用0申报。可长期的0申报是有很大风险的，倘若0申报持续时间达到6个月，税务机关就会对企业展开分析调查，确认企业是否存在隐匿收入等问题。
3、进项发票对比问题
其实在“金三”系统上线之前，税务机关就相当重视增值税进项和销项的大规模审核了，主要审核对象是，发票内容的一致性和税率的准确性。这使很多想钻空子的商贸企业都焦头烂额了。
4、农产品抵扣问题
免税的农产品一直都是虚开发票的主要源头之一，因为像农业合作社这类农业生产者可以享受自产自销的的农产品免税的政策，而这些免税的农产品给下游采购开具的销售发票是可以抵扣进项税的，这就使一些企业动了歪脑经，打起了虚开发票的主要。因此国家现在对虚开农产品发票的行为查的很严，一旦发现，必将严惩。
5、税收优惠企业认定问题
对于那些享受税收优惠政策的企业，一直都是税务机关专门清查的重点。毕竟可以得到实实在在的实惠，想钻空子的人自然就会很多。
6、发票用量有出入问题
税务机关每个月都会对企业所使用的发票数量、种类、领用存情况以及购领发票数量和实际使用数量之间的出入进行严格审核。而发票的增量和增版都是十分困难的，一旦企业提出增量增版，税务机关一定会实地考察企业情况，现阶段税务机关正在大力严打虚开发票行为。
7、税负率异常问题
各个行业的平均增值税、所得税税负水平在当地的税务系统中都是有所记录的，如果你在平均税负上下浮动不大的话可能不会引起什么注意，一旦超过20%太多，税务机关就会对其进行纳税评估来调查原因，不正常的税务异常一直以来都是税务稽查的重点，要引起注意哦。
以上几点就是税务稽查重点检查的问题，还有大家在按时纳税申报后，还需要自查，必须确保万无一失。不然，税务稽查就会找你麻烦的噢！
