百日咳如果得不到及时治疗，可能会导致呼吸系统损伤、肺炎、脑病后遗症、慢性咳嗽等并发或后续问题，尤其在婴幼儿和老人当中更为严重。其后遗症程度因患者年龄、病情严重程度以及治疗是否及时而有所不同。
在呼吸系统方面，严重百日咳可能引发气道炎症及纤维化，导致肺功能不全或长期气喘，特别是反复感染的患者。多次咳嗽会对胸部肌肉和膜造成损伤，出现咳嗽性胸痛。脑部损伤的可能性虽低，但对于未经妥善治疗的病患，尤其是婴儿，剧烈咳嗽缺氧可能诱发脑病后遗症，如智力迟滞或运动障碍。长期不愈的咳嗽症状，也有可能转为慢性咳嗽，影响生活质量。同时，百日咳还可能使患者免疫力下降，导致其他健康问题复发或新发。
为了避免后遗症，加快恢复，需要在早期使用抗生素治疗，例如红霉素、阿奇霉素或克拉霉素能有效杀菌并缩短传染期。若已出现呼吸困难，应积极就医提供氧疗支持，严重者可能需要住院护理。饮食方面，合理选择富含维生素C的蔬果（如橙子、青椒）、补充优质蛋白（如鸡蛋、鱼肉）可促进恢复，避免辛辣、刺激性食物对气道的负担。居住环境需保持空气流通，避免吸入刺激气体对呼吸道的进一步破坏。
成年患者可能症状较轻，但对婴幼儿和有慢性基础病的患者而言，百日咳可能引发严重后果，因此一旦确诊或出现长时间咳嗽症状，应及早就医检查并遵医嘱治疗，以减少并发症和后遗症的风险。
